Para optimizar un pdf usaremos la herramienta Ghostscript tenemos 2 formas de utilizarlo: para un unico fichero o en un directorio.
Optimizar un pdf:
optimiza_pdf.sh fichero.pdf
Optimizar todos los pdf que hay en un directorio:
find . -type f -name "*.pdf" -exec ./optimiza_pdf.sh {} \;
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Puedes descargar el script pulsado aqui